鎌倉・室町・戦国時代の肥後国：菊池氏・阿蘇氏・相良氏の興亡と九州の覇権争い

鎌倉幕府の支配と在地勢力

鎌倉時代、肥後国は、九州全体に広がる幕府の支配体制の中に組み込まれていた。源頼朝が征夷大将軍となり鎌倉幕府を開いた後、肥後には東国御家人として相良氏が人吉荘の地頭職に任命され、球磨地方に深く根を下ろしていくことになる。相良氏は、遠江国相良荘（現在の静岡県）を名字の地とする藤原南家工藤氏の流れを汲む武家で、建久9年（1198年）に相良長頼が人吉荘の地頭となり、以後700年以上にわたり同地を治めたという。承久の乱（1221年）では北条時房に従い功績を挙げ、相良家の基盤を築いたとされる。

一方で、肥後国には古くからこの地に根ざした有力な在地勢力が存在した。その代表格が、菊池郡（現在の熊本県菊池市）を本拠とした菊池氏と、阿蘇神社の大宮司職を世襲する阿蘇氏である。菊池氏は、平安時代後期から肥後国で勢力を拡大した豪族であり、鎌倉時代には幕府御家人に列していた。 阿蘇氏もまた、古代の国造の系譜を引くとされ、12世紀初めには阿蘇南郷谷を拠点に武士団を形成し、大宮司として地域に大きな影響力を持っていた。 鎌倉幕府成立後、阿蘇社領は北条氏の預所となり、北条氏と阿蘇氏の間には深い関係が築かれた。

蒙古襲来（元寇）は、肥後国の武士団にとって大きな転機となった。文永の役（1274年）では菊池武房が博多で奮戦し、弘安の役（1281年）でも一族が参戦するなど、菊池氏はその武名を高めることになる。 しかし、元寇後には北条氏が肥後への影響力を強め、これに対し菊池氏や阿蘇氏といった在地勢力の反発を招くことになった。 この対立構造は、後の南北朝の内乱において、肥後国が南朝方の有力な拠点となる素地を形成していく。

南北朝の激動と菊池氏の興隆

鎌倉幕府が滅亡し、後醍醐天皇による建武の新政が始まると、肥後国は再び大きな転換期を迎える。この時代の肥後を語る上で欠かせないのが、菊池氏である。菊池武時は元弘の乱において鎮西探題を襲撃して討死するが、その子菊池武重は後醍醐天皇の建武新政下で肥後守に叙せられ、南朝方の中心的な武将として活躍する。

足利尊氏が建武の新政から離反し、南北朝の対立が深まると、肥後国は南朝方の重要な拠点となる。菊池武重は関東で転戦し、その弟の菊池武敏は九州で足利方と戦ったが、多々良浜の戦いで敗北を喫した。 しかし、菊池氏はその後も南朝の征西大将軍・懐良親王を迎え入れ、肥後国の南朝勢力の中心として活動を続けた。 懐良親王と菊池武光は、一時期は大宰府に征西府を置くほどの勢力を誇り、九州における南朝方の優勢を築き上げた。