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日本列島で最も古い地層は、茨城県日立市周辺の約5億3300万年前のカンブリア紀層と、岐阜県高山市周辺の約4億7200万年前のオルドビス紀層である。これらの地層は、日本列島が形成される遥か昔の地球の姿を伝えている。
御岩山では、約5億年前のカンブリア紀の地層と白亜紀の火成岩が共存する。これはプレートの沈み込みと隆起、浸食という地殻変動の繰り返しにより、地下深くの古い地層が地表に現れたためである。日本列島では稀な地質学的特徴を持つ。
茨城県日立市の御岩神社は、縄文時代から信仰の対象とされてきた。宇宙飛行士が目撃したとされる「光の柱」の正体は、約5億年前の地層に含まれる紫外線で発光する紅柱石である可能性が指摘されている。太古の地層と現代の科学が交錯する神秘的な山を紹介する。